El Consejo Científico tiene como principal tarea asesorar al OCyT en las actividades relacionadas con la investigación sobre el estado y las dinámicas de la ciencia y la tecnología en Colombia. En tal sentido, se espera que los miembros del Consejo Científico brinden apoyo y orientación intelectual, conceptual y científica en cienciometría, estudios sobre ciencia, tecnología y sociedad, política de investigación e innovación, y sistemas de información para la CTeI.

El consejo está compuesto por el delegado del Director de Colciencias y diez expertos en indicadores de CTeI, estadística, sistemas de información, estudios sociales de la ciencia y la tecnología, gestión de CTeI, de los cuales siete son nacionales y tres internacionales. Los consejeros son nombrados por la Junta Directiva previa presentación de candidatos por parte de la Dirección Ejecutiva, y son designados a título personal y no representan las instituciones a las que pertenecen.